В 1562 г. было принято решение на месте церкви построить величественный собор Святой Екатерины (Sé Catedral de Santa Catarina). Возможно, было желание поместить в него мощи Св. Ксаверия. Но другая церковь Бом Иисус была построена всего за 11 лет и введена раньше в эксплуатацию. Потому в 1605 г. мощи оказались там.